台灣與巴布亞新幾內亞「建交」經費遭掮客侵占，牽扯出「國家安全」團隊失控危機，知情人士透露，過去一年里，「外交部長」黃志芳為了巴新案與「國安會」秘書長、行政院副院長邱義仁幾近鬧翻，巨額匯款是邱兩度個人保證沒問題，黃志芳才匯款，陳水扁明知邱失職，整個事態失控，也不下令邱補救，高層互動詭譎。

    據台媒報道，2006年的「國安會」權傾一時，可不經陳水扁同意，任意指揮政府，當年8月，紅衫軍靜坐，陳水扁坐困愁城，邱義仁為求脫困，想起柯承亨推薦的金紀玖，認為可以藉與巴新「建交」為扁加分。

    邱兩度保證匯款沒問題

    當年接獲邱指示與金紀玖合作談判與巴新「建交」，黃志芳對金有戒心，卻不敢違逆邱命令。

    熟悉內情人士透露，黃對10億元匯到私人戶頭，一直惴惴不安，邱兩度當著大家的面拍胸脯保證，金要動匯款，必須先報告黃，同意后始得動支，黃才下令匯款。未料2006年12月金在新加坡逃逸后，邱明明可以指揮「國安」系統找人，卻不出面解決，也不調動人馬追緝。

    金逃走后不久，政府已經通過管道找到金藏匿地，但怕曝光后，引發黑道人士覬覦，跑去找金勒索，邱仍不采取行動。

    整個「國安」團隊為了處理本案，幾近失控局面，黃、邱兩人恩怨日深，黃多次面報陳水扁，扁沒有下令邱補救，黃幾次忍不住，想開記者會說出來，幾乎與扁翻臉，扁還是沒約束邱。邱繼續在郵政儲金紓困陽信案、沙特海水淡化廠案、鐽震案扮演角色，弄得政務官人人自危。

    一連串的弊案，邱在幕后逍遙，黃已無退路，向外界說明巴新案案情，意在將邱逼上台面，讓邱面對公眾，凸顯邱折損政務官的政治責任。