賴幸媛接任陸委會主委，跌破政壇眼鏡。有分析認為，馬英九政府的兩岸政策雖以「開放」為前提，卻也有「兩岸融冰如果太快會變洪水」的考量，新政府任用賴幸媛，如果希望發揮踩煞車的功能，應可理解。

    但另一方面，賴幸媛對兩岸問題的態度，雖非完全受制於「台獨」意識形態，但以其出身台聯的背景，要如何與「國民黨資深官僚」的海基會董事長江丙坤合作無間，仍是令人擔心的問題。台灣內部尚待凝聚民意的時刻，如果要使國民黨與台聯在兩岸問題上達到共識，恐怕短期內仍屬「不可能的任務」。

    馬或納李兩岸政策

    賴幸媛在2000年由陳水扁延攬出任「國安會」諮詢委員，當時就是李登輝推薦，如今馬英九上任后首位陸委會主委賴幸媛也是出自李登輝，「老李」對扁馬兩位后繼者的兩岸路線，影響不可謂不大。藍營人士認為，這代表李登輝對兩岸政策的看法將正式納入新政府的決策考慮。