結果由承審法官定奪
台灣高檢署在二審宣判后認為,本案判決攸關首長特別費性質的認定,未來確定判決的法律見解對偵審同類型案件具有關鍵性的指導作用,宜由最高法院就此爭議問題做出統一見解,較能避免同類案件的用法歧异,因此提起上訴。台灣最高法院針對上訴理由,了解二審判決是否真有引用法則失當的地方。而大選后,最高法院書記官長林志斌表示,馬英九特別費案的審理是審判獨立的問題,結果由承審法官自行定奪。由於馬英九即將在下月正式就職,特別費案昨天做出判決,大選前自認遭受不白之冤的馬英九,還為此案控告檢察官侯寬仁瀆職,同時屢次強調已到了特別費要有統一見解標準的時候了,不要等到他三審了才來想辦法。分析人士認為,台灣最高法院的三審無罪裁決,在5.20馬英九上台之前,令其還原清白之身。